株主の権利は大きく分けて、２種類あります。自益権と共益権といわれます。

新たに会社を設立する場合、自分が出資してそのまま社長になるのであれば、株主の権利は問題にはなりません。もともと自分のお金ですから、配当を出そうが出すまいが自分次第ですし、株主総会といっても、社長一人が株主であれば、形式的なものにすぎません。

株主の権利が重要になるのは、創業社長以外の第三者からお金を出してもらう場合です。この場合、会社の所有者である株主と経営者が分かれる、いわゆる「所有と経営の分離」が起こります。最初のうちは特に配当なども気にしないかもしれませんが、儲かってくればやはり配当の話なども出てくるかもしれませんし、株主総会もしっかりした手続きで行う必要があります。

創業社長以外に、共同で会社を立ち上げる人からの出資について、注意しておくべき点があります。それは、株式の買い取りの問題です。
順調に共同経営が進めばよいのですが、共同経営はうまくいかないケースも多くあります。出資もなく、通常の取締役であれば辞任しておしまい、ということで済むかもしれませんが、出資を受けている場合は要注意です。やはり、辞任する以上、第三者となるわけですから上記と同じように、株主の権利が問題となる場合があります。しかし、もともと自分を応援する意味で最初から第三者として出資してくれた人とは、事情が異なります。中には、元共同経営者から株式の買い取りを求められる場合もあります。元共同経営者としては、いっしょにやるから自分も一部お金を出していたつもりで、やめたからには出資も返してくれという気持ちでしょう。もちろん会社や社長個人として株式を買い取る義務はないのですが、議決権の問題や、会社にとって望ましくない株主がいるということは会社にとっても良いことではありません。
ここで、問題になるのが、買取価格です。最低でも元の出資額という気持ちが相手にあるでしょうが、会社に黒字が出ていればその分買取価格も上がります。結果的に、最初に出資してもらった金額を超えた額で相手に返金するようなことになるケースもありえます。

共同経営といっても、社長と一方の共同経営者の間に社内的に責任などで差があるのであれば、最初の出資額も多くても１０％程度に抑えておくということが重要です。ずっといっしょに頑張ろうという意味で、５０％ずつ出資するような場合は、後々共同経営がうまくいかなくなった時に非常に問題となりますので、避けたほうが無難です。